<?php get_sidebar( $name ); ?>

このように記述すると、実際のテンプレートフォルダ内のsidebar-{name}.phpを参照します。
これは、header,footerでも同様な動き。
wordpress3.0以降は、こちらを推奨とのこと。

そうしないと、functions.phpの関数が呼び出せなかったり不便ですし。

3大「WordPressに慣れていない人がやってしまいがちだけど、こっちのほうがいいのになぁ」って思うこと

こちらを参考にさせていただきました。